色譜柱的清洗溶劑及順序，作為參考:矽膠柱以正已烷(或庚烷)、二氯甲烷和甲醇依次衝洗，然後再以相反順序依次衝洗，所有溶劑都必須嚴格脫水。
甲醇能洗去殘留的強極性雜質，已烷使矽膠表麵重新活化。反相柱以水、甲醇、乙腈、一氯甲烷依次衝洗，再以相反順序依次衝洗。
如果下一步分析用的流動相不含緩衝液，那麽可以省略後用水衝洗這一步。一氯甲烷能洗去殘留的非極性雜質，在甲醇(乙腈)衝洗時重複注射100~200µl數次有助於除去強疏水性雜質。
乙腈或甲醇的混合溶液能除去類脂。有時也注射二甲亞碸數次。
此外，用乙腈、丙酮和三氟醋酸(0.1%)梯度洗脫能除去蛋白質汙染。
陽離子交換柱可用稀酸緩衝液衝洗，陰離子交換柱可用稀堿緩衝液衝洗，除去交換性能強的鹽，然後用水、甲醇、二氯甲烷(除去吸附在固定相表麵的有機物)、甲醇、水依次衝洗。
保存色譜柱時應將柱內充滿乙腈或甲醇，柱接頭要擰緊，防止溶劑揮發幹燥。禁止將緩衝溶液留在柱內靜置過夜或更長時間。
色譜柱使用過程中，如果壓力升高，一種可能是燒結濾片被堵塞，這時應更換濾片或將其取出進行清洗;另一種可能是大分子進入柱內，使柱頭被汙染;如果柱效降低或色譜峰變形，則可能柱頭出現塌陷，死體積增大。
在後兩種情況發生時，小心擰開柱接頭，用潔淨小鋼將柱頭填料取出1~2mm高度(注意把被汙染填料取淨)再把柱內填料整平。然後用適當溶劑濕潤的固定相(與柱內相同)填滿色譜柱，壓平，再擰緊柱接頭。這樣處理後柱效能得到改善，但是很難恢複到新柱的水平。
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